Dopo la terribile alluvione del 1250 che sconvolse l'assetto territoriale tra Senio e Santerno, il Conte Bernardino di Cunio, per riedificare il suo castello di Donigallia, scelse per luogo il Fundus Fuscinianus, il cui suffisso latino testimoniava l'antichità di una terra che, per la sua favorevole posizione, aveva insularmente resistito ad ogni inondazione. Il nuovo insediamento ereditò la doppia tradizione del Castello di Donigallia e della Pieve di San Giovanni Battista in Liba traslocata entro le mura. La nuova sistemazione fu definitiva nei siti e nelle forme; da quel tempo in poi coincisero i confini ecclesiastici e politici di Fusignano.
Complice nell'assassinio dell'arcivescovo di Ravenna, il conte Ugolino di Cunio portò la maledizione sul suo casato e sul Castrum Fusiniani, che venne alienato ai Polentani (1359), perdette il suo ruolo di centro amministrativo e militare ed immiserì : la sua mutevole sorte dipese dagli scontri, che lo coinvolgevano più di quanto lo interessassero, nella dantesca Romagna che mai ebbe pace nel cuore dei suoi tiranni. Il Castello di Fusignano tornò ai Cunio, venne in balia dei Visconti, passò ai Manfredi ed al Paganello, fu venduto al conte Sacrati (1441) che, incapace di difenderlo, lo permutò con gli Estensi (1445). Stabiliti i confini con Lugo (1457), gli Estensi diedero al paese la coscienza della propria identità terrritoriale e comunitaria espressa nel simbolo del Fuso. Borso d'Este infeudò il castello a Teofilo Calcagnini nel 1465. Nella Romagna estense allora Fusignano acquisì uno specifico ruolo entro l'area di uno Stato che realizzava il proprio equilibrio nella compenetrazione di territori immediatamente soggetti e territori mediamente infeudati.
Sorsero conflitti tra Comunità e Feudo per i pesi "innovati" da Teofilo, primo fra tutti l'odiosa "tassa della Guardia", nella quale era stato convertito un antico obbligo dei Fusignanesi di presidiare il Castello.
Dopo un concordato tra le parti (1489), i Calcagnini, in difficoltà sul fronte esterno ed interno, concessero uno Statuto (1514): i Fusignanesi avevano aperto le porte al capitano pontificio Sassatelli ed all'orizzonte locale si profilava l'ombra minacciosa dei Corelli, la famiglia antagonista che giocava le proprie possibilità in una complicata situazione, per cui Fusignano era attraversato da diversi poteri che si sovrapponevano, poiché quello ecclesiastico aveva il proprio centro diocesano a Faenza, fuori dello stato Estense. Dopo la devoluzione del ducato di Ferrara allo Stato Pontificio (1598), i pontefici confermarono il feudo elevandolo a marchesato; allora i Corelli dovettero sfidare i Calcagnini in un impossibile scontro frontale che ebbe il suo epilogo nello strazio di Rodolfo (1622), il caporione dei congiurati giustiziato, squartato ed appeso alla porta della sua casa che fu distrutta e sementata col sale l'area su cui sorgeva.